La course mortelle contre le variant Delta, un “hyper Covid”

En sept questions-clés, portrait de cet inquiétant variant Delta et évaluation de l’efficacité des armes pour le combattre.

Découvert pour la première fois en octobre 2020 en Inde, dans la région de Nagpur, le variant Delta a envahi la planète en quelques semaines, affolant les prévisions, fissurant les plans de relance, bousculant les Bourses. Les Pays-Bas rétropédalent, la France impose le vaccin aux soignants pour ne pas annuler les vacances, la Belgique se tâte malgré un taux de reproduction du virus en hausse inquiétante. Mais quel est le vrai portrait de ce virus? Est-il si dangereux qu’on ne le craint? Et vraiment invincible?

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“Il n’y a aucun doute là-dessus. On considère qu’il est de deux à trois fois plus transmissible que le virus originel venu de Wuhan, explique Michel Goldman, professeur émérite d’immunologie à l’Université libre de Bruxelles et président de l’Institut pour l’innovation interdisciplinaire en santé de l’ULB. Cela signifie que dans les mêmes conditions de précaution, vous avez deux à trois fois plus de malchance d’être contaminé par le virus Delta que le virus chinois originel. Le Delta surpasse aussi le variant Alpha – anciennement appelé variant britannique -, qui avait déjà alerté du fait de sa contagiosité accrue. En fait, on a pratiquement affaire à un nouveau virus, même s’il reste sensible aux vaccins disponibles – pour autant que l’immunisation soit complète. Dans une étude récente, des chercheurs rapportent que les personnes infectées par Delta avaient des charges virales jusqu’à 1.260 fois supérieures à celles des personnes infectées par la souche d’origine”.

Une multiplication virale “particulièrement active combinée à une courte période d’incubation, voilà ce qui explique la contagiosité extrême du variant Delta”, explique l’épidémiologiste Benjamin Cowling de l’Université de Hong Kong. Pour le professeur Goldman, “la course actuelle à la vaccination doit absolument être gagnée dans les semaines à venir si l’on veut éviter à l’automne une nouvelle vague dévastatrice qui pourrait favoriser l’émergence de nouveaux variants encore plus menaçants”.

“Il y a hélas des indications que c’est bien le cas, admet le professeur Goldman. C’est évidemment complexe à quantifier, puisque le variant Delta apparaît alors que les personnes les plus vulnérables ont été largement vaccinées. Mais il y a néanmoins des données suggérant qu’à vulnérabilité identique, le variant Delta est plus dangereux que les variants précédents”.

Les variants émergent suite à des mutations qui correspondent à des erreurs de copie de l’ARN viral, erreurs inévitables lorsque le virus se multiplie. Ces mutations peuvent avoir différentes conséquences. Lorsqu’elles augmentent le potentiel infectieux du variant, celui-ci va prendre le pas sur les autres. Dans le cas du virus Delta, les mutations touchent notamment la protéine Spike, la clé utilisée par le virus pour envahir nos cellules. La protéine Spike mutée va ouvrir plus aisément la serrure que représente le récepteur ACE2 à la surface des cellules de notre arbre respiratoire et aussi faciliter la fusion entre le virus et la membrane de ces cellules. La transmission du virus d’une cellule à l’autre et d’un individu à l’autre s’en trouve grandement facilitée. La protéine Spike étant la cible principale des anticorps produits en réponse à l’infection ou aux vaccins, les mutations peuvent aussi modifier l’efficacité des réponses immunitaires. Heureusement, les mutations ont eu jusqu’ici beaucoup moins d’impact sur l’action protectrice des anticorps que sur la transmissibilité du virus. Il y a là une grande différence par rapport au virus VIH dont les mutations ont pour conséquence principale l’échappement au système immunitaire. Pour éviter de se retrouver dans cette situation, la seule stratégie possible est de limiter autant que possible la transmission du virus. D’où l’importance de maximiser rapidement la couverture vaccinale.

Une étude publiée en juillet dans la revue de référence Nature par une équipe française confirme la résistance relative du variant Delta aux anticorps, qu’il s’agisse de ceux produits naturellement ou après vaccination. C’est pour cette raison qu’il faut deux doses de vaccin pour protéger efficacement contre le variant Delta, comme vient de le rappeler l’Agence européenne des médicaments (EMA).

“Le variant Delta s’avère quatre fois moins sensible aux anticorps produits suite à l’infection naturelle et il est donc indispensable que ceux qui ont fait le Covid-19 se fassent vacciner”, insiste Michel Goldman. Du fait de leur contact antérieur avec le virus, ceux qui ont été contaminés seront déjà protégés après la première dose du vaccin. Mais ceux qui n’ont pas encore été touchés par la maladie ne seront protégés qu’après la deuxième dose. Il n’y a donc pas de temps à perdre face à la résurgence des cas d’infection par ce variant hautement infectieux . “En fait, le variant Delta change fondamentalement la donne en termes d’immunité collective, ajoute l’immunologiste. Elle nécessitera d’atteindre une couverture vaccinale globale plus importante que celle annoncée initialement, sans doute de l’ordre de 80% au minimum, y compris parmi ceux qui ont fait le covid puisqu’ils ne seront pas protégés par l’immunité naturelle seule. Si l’objectif est de se débarrasser complètement du virus, il faudra alors obtenir aussi l’adhésion à la vaccination des mineurs. Un fameux défi! A défaut, il faudra apprendre à vivre avec un virus vis-à-vis duquel il sera indispensable que les plus vulnérables soient protégés si l’on veut éviter une nouvelle surcharge hospitalière.”

Pour Michel Goldman, la communication de Pfizer est prématurée et inappropriée: “Ce n’est pas aux producteurs de lancer le débat sur une mesure de santé publique mais aux autorités sanitaires, éventuellement à partir des résultats des essais cliniques menées en association avec les firmes. Au-delà de cette controverse, ce qui est certain, c’est qu’il faut dès maintenant administrer une troisième injection aux patients immunodéprimés tels que les greffés. Il faut aussi les inciter à se faire tester au moindre symptôme et à consulter le plus rapidement possible leur médecin, qui pourra éventuellement poser l’indication d’un traitement par anticorps monoclonaux adaptés au variant en cause. Je rappelle que le traitement par certains anticorps monoclonaux, même s’il est coûteux, a reçu un premier avis favorable de l’Agence européenne du médicament, et que la Commission européenne prévoit l’approbation conditionnelle de leur mise sur le marché à l’automne. En fait, si l’on veut éviter d’être submergé par la quatrième vague qui surgit déjà dans les pays voisins, il est nécessaire de repenser dès aujourd’hui toute notre stratégie vaccinale. Et cette fois, sans attendre les résultats de nouvelles études menées ailleurs. Ce temps perdu est précieux. Quant à moi, je plaide pour l’administration dès maintenant d’une dose supplémentaire de vaccin ARN (Pfizer, Moderna) chez toutes les personnes dont le système immunitaire est affaibli, particulièrement si elles ont été immunisées par un des vaccins à vecteur adénoviral (AstraZeneca ou Johnson et Johnson) compte tenu de leur efficacité moindre vis-à-vis du variant Delta mais aussi du variant Beta (variant sud- africain) qui est présent en France”.

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“Il est tout à fait prématuré de le préconiser pour la population générale. Ainsi que d’imaginer qu’il faudra pérenniser le vaccin ad aeternam“, réagit le professeur Goldman. Un avis partagé par le docteur Benjamin Davido, infectiologue à l’hôpital de Garches, interrogé par le site d’information médicale Medscape France: “On ne connaît pas à l’heure actuelle la durée de l’immunité conférée par les vaccins contre le covid, même si l’on a des éléments pour penser qu’à l’image de l’immunité naturelle, elle est d’au moins un an. C’est d’ailleurs ce que semble indiquer une récente étude parue dans Nature. Pour moi, la question de la troisième dose dépend avant tout de la mise au point de nouveaux vaccins dont on peut espérer l’arrivée à l’automne. Si on ne les avait pas, on pourrait s’interroger sur la juste nécessité ou non de cette troisième dose. Si on les a, ce sera plus facile – en tout cas pour les pays riches – d’emboîter le pas sur un nouveau rappel vaccinal chez les individus fragiles, c’est-à-dire les plus de 75 ans ou avec des comorbidités. Pour le reste de la population, on pourrait envisager de les recommander mais de laisser à chacun son libre-arbitre”. La Haute autorité de santé française vient d’ailleurs de déconseiller une troisième injection généralisée.

“Mais la quatrième vague, elle est déjà là! Au Royaume-Uni, en France, aux Pays-Bas, en Allemagne, tous les indicateurs sont en hausse spectaculaire. Chez nous, le taux de reproduction du virus est aussi en hausse et le nombre d’entrées à l’hôpital ne diminue plus. Pour autant, on peut espérer que cette vague ne va pas nous submerger si l’on optimise encore la stratégie vaccinale dans les semaines à venir. Il s’agit d’une part de combler des trous préoccupants dans la couverture vaccinale notamment en Région bruxelloise (où seuls 36% des citoyens étaient totalement vaccinés au 20 juillet, Ndlr) et d’autre part d’anticiper l’administration de doses supplémentaires chez les plus vulnérables mal protégés par les schémas en vigueur aujourd’hui. Le célèbre épidémiologiste Antoine Flahault, directeur de l’Institut de santé globale à l’université de Genève, est plutôt favorable à de nouvelles restrictions. “Au Royaume-Uni comme au Portugal, le nombre de morts reste faible mais commence déjà à augmenter, analyse-t-il. La mise en place d’un passe sanitaire généralisé revient à décréter pour les personnes non vaccinées quasiment les mêmes restrictions que lors des confinements précédents, puisque l’accès aux bars, restaurants, discothèques, à la vie culturelle, festive, sportive leur est fermé, explique-t-il au Figaro. Les vaccins protègent contre les infections et les formes graves, mais ils réduisent aussi le risque de propagation de l’épidémie. En plus de voir progresser la couverture vaccinale, on peut donc légitimement espérer que la mesure sera aussi efficace qu’un confinement pour endiguer les contaminations. L’effet cumulé des vaccins, de ces restrictions ciblées et des vacances scolaires durant l’été devrait donc permettre de limiter l’impact du variant Delta et pourrait protéger d’une quatrième vague, c’est-à-dire éviter le risque de saturation des hôpitaux.”

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Le Premier ministre britannique estime sans doute que l’immunité collective ne pourra être atteinte à temps par la vaccination et fait le pari implicite de laisser courir le virus. “C’est faire fi du fait que la pandémie est mondiale et qu’il augmente ainsi le risque d’apparition de nouveaux variants contre lesquels cette fameuse immunité collective ne serait plus si efficace, met en garde Michel Goldman. Adopter cette stratégie chez nous nous exposerait au risque d’une quatrième vague aussi dramatique que les précédentes et ruinerait tous les efforts accomplis jusqu’ici.”

En Belgique, l’un des scénarios élaborés par le GEMS, le groupe des experts chargés de la stratégie de sortie, montre un nombre très important d’entrées dans les hôpitaux si la vie devait reprendre “comme avant”. Un nombre d’admissions quotidiennes supérieur à 400 à partir de la mi-septembre et qui ne repasserait sous la barre des 200 par jour qu’en décembre. L’attentisme est donc, selon eux, un très mauvais choix. Devant les députés, le ministre de la Santé Frank Vandenbroucke est resté prudent: “Nous devons ralentir la circulation du virus, être prudents dans nos décisions politiques. Il ne faut pas nécessairement annoncer des mesures drastiques. Il faut prendre les libertés (retrouvées) au sérieux, les sécuriser en renforçant les lignes de défense”. Sera-ce la ligne du gouvernement fédéral?

“Notre vaccin a une efficacité d’environ 89% contre le Delta”

La réussite du vaccin Pfizer n’est-elle pas menacée par l’arrivée de nouveaux variants? Après l’anglais (Alpha), le brésilien (Gamma) et l’indien (Delta) aujourd’hui majoritaire, on annonce déjà un ‘Delta plus’, plus agressif encore. Ugur Sahin et Özlem Türeci, fondateurs et copropriétaires de BioNTech, la firme qui a mis au point le premier vaccin à ARN messager de l’histoire de la médecine, produit et commercialisé par le géant Pfizer, sont convaincus que leur produit peut rester efficace contre un virus qui évolue aussi rapidement. Dans un récent entretien au quotidien Les Echos, Özlem Türeci explique que “si le vaccin doit être adapté, c’est techniquement simple avec la technologie ARNm et nous avons pu l’expérimenter des centaines de fois dans le domaine du cancer. L’idée est de remplacer le code génétique de la protéine Spike du virus original par celui du nouveau variant dans notre vaccin. Nous poursuivons activement cette démarche pour le variant Delta. Le premier lot d’ARNm pour tester un vaccin adapté à celui-ci a déjà été conçu et fabriqué par nos soins pour les essais cliniques. Cela ne nous a pris que quelques semaines. Nous prévoyons de commencer les essais cliniques en août”.

Les résultats préliminaires d’une étude britannique montrent qu’une vaccination avec le vaccin BioNTech présente une efficacité d’environ 89% contre la maladie symptomatique du variant Delta deux semaines après la vaccination complète.